Um den Zusammenhang zwischen wasserwirtschaftlichen Maßnahmen der Wasserrahmenrichtlinie mit denen der Förderung bzw. Landesmaßnahmen kenntlich zu machen, können die WRRL-Maßnahmen über die Fachanwendungen MIP-Förderung bzw. MIP-LM mit den jeweiligen Förderungs- bzw. Landesmaßnahmen verknüpft werden. Hierbei kann eine WRRL-Maßnahme zu einer oder mehreren Förder- bzw. Landesmaßnahmen zugeordnet werden.
Zugeordnete WRRL-Maßnahmen können nur noch sehr eingeschränkt bearbeitet und nicht gelöscht werden, auch wenn sie als ergänzende Maßnahmen im WRRLplaner4 eingerichtet wurden. Es gelten dann die gleichen Beschränkungen wie für initiale Maßnahmen, zusätzlich werden die Felder Kosten, Umsetzung und Status gesperrt und die Werte aus der MIP-Maßnahme verwendet.
Zugeordnete WRRL-Maßnahmen können auch über die Fachanwendungen MIP-Förderung bzw. MIP-LM aufgerufen und im Rahmen der zulässigen Änderungen bearbeitet werden. Die Zuordnung kann von Seiten MIP-Förderung bzw. MIP-LM aufgehoben werden, in diesem Fall stehen für ergänzende Maßnahmen wieder die vollständigen Bearbeitungsmöglichkeiten im WRRLplaner4 zur Verfügung.