Die Datenstruktur von eAbwasser ist hierarchisch aufgebaut. Oberste Ebene bildet der Betreiber (auch Organisation genannt), dem ein oder mehrere Betriebe zugeordnet sein können. Ein Betrieb ist nach 1.1 definiert und umfasst ein oder mehrere Abwasseranlagen, die wiederum ein oder mehrere Messstellen haben können (mit Ausnahme Kanalnetz). In Abhängigkeit des Betriebstypes ergeben sich auch die zugeordneten Anlagentypen und -arten. Alle einem Betrieb zuzuordnenden Daten werden in der „Betriebsakte“ zusammengefasst. Diese Betriebsakte bildet die o.g. Hierarchie betriebsbezogen ab und umfasst außerdem alle Bescheide mit den Bescheidskopfdaten und den behördlichen Festlegungen und Selbstüberwachungsauflagen je Messstelle.